松花江流经的主要城市包括：吉林市、哈尔滨市、佳木斯市、同江市、抚远市。 其中吉林市位于吉林省，是松花江上游的重要城市，拥有著名的丰满水库和雾凇景观；哈尔滨市是黑龙江省省会，松花江穿城而过，形成独特的冰雪文化；佳木斯市地处三江平原，是松花江下游的交通枢纽；同江市和抚远市均为边境口岸城市，其中抚远市是松花江注入黑龙江的汇合点。此外，松原市（吉林省）也位于第二松花江沿岸，常被纳入松花江流域城市范畴。这些城市沿江分布，构成了东北地区重要的经济与生态走廊。
